معاونت پژوهشی یکی از ظرفیت های کلان ساختاری مجمع عالی حکمت اسلامی است به منظور بسیج منابع و سرمایه انسانی و قابلیت های سازمانی و توان مدیریتی و برنامه ریزی و مدیریت و راهبری در این راستا جهت گفتمان سازی و اندیشه آفرینی ماموریت دارد که فعالیت های پژوهشی و تحقیقاتی را در این زمینه طراحی و اجراء نماید. معاونت پژوهش مجمع عالي حكمت اسلامي وظيفه طراحي نشست‌هاي علمي اعم از كرسي‌هاي نظريه پردازي، ميزگرد علمي، همايش و … را برعهده دارد. در همين راستا با رصد مسائل و نيازهاي فلسفي، كلامي و عرفاني جامعه و بمنظور پاسخگويي علمي به شبهات موجود يا نقد انديشه‌ها اقدام به طراحي نشست‌هاي علمي با حضور اساتيد و كارشناسان محترم مي‌نمايد كه تاكنون به لطف خداوند مورد توجه علاقمندان قرار گرفته است.
همچنين نسبت به زيرساخت هاي پژوهشي مانند كتابخانه تخصصي، سايت، دوره‌هاي پژوهشي و … اقدامات مناسبي صورت گرفته است. در حال حاضر حجت الاسلام والمسلمين عیسی نژاد معاون پژوهش مجمع عالي حكمت اسلامي مي باشد.