شورای اجرایی مجمع متشکل از هشت نفر از اساتید فرهیخته و مبرّز علوم عقلی فعّال در مراکز علوم عقلی حوزه و دانشگاه میباشد که تعیین خط مشیی های کلان مجمع را برعهده دارند. چهار نفر از این افراد توسط هیئت مدیرۀ مجمع عالی حکمت اسلامی قم منصوب شده و چهار نفر دیگر با انتخاب اعضاء، برگزیده میشوند. دومین انتخابات شورای اجرایی شعبۀ مشهد در سال 1395 با حضور نمایندگان مجمع قم برگزار گردید که نتیجۀ آن ابقاء منتخبین دوره پیشین بود جز یک مورد [1] .
[1] . حجتالاسلام والمسلمین عبدالحمید واسطی که بهعلت بیماری شدیدشان استعفاء دادند و دکتر مجید ظهیری جایگزین ایشان شدند .