در رأس مجمع عالی حکمت اسلامی شعبه مشهد، مدیریت مجمع قرار دارد که هدایت و نظارت بر تمام امور شعبه را عهده‌دار می‌باشد و از طرف هیئت مدیره مجمع عالی حکمت اسلامی قم تعیین می‌گردد.
از زمان افتتاح شعبۀ مشهد، ریاست و مدیریت این مجموعه تا آبان ماه سال 96 با جناب دکتر سید عباس صالحی بود و در مدتی هم که ایشان معاون فرهنگی وزارت ارشاد را داشتند، مدیریت امور به دست قائم‌مقام و معاونت آموزش و پژوهش ایشان؛ دکتر حسین مسعودی بود. از سال 1396 پس از انتصاب دکتر صالحی به مقام وزارت ارشاد جمهوری اسلامی ایران ، حجت‌الاسلام و المسلمین دکتر علی رضایی تهرانی از سوی هیئت مدیره به مدیریت شعبه مشهد منصوب گردید.
